股东擅自以公司名义抵押房屋贷款属违法行为。依据《公司法》，股东应遵守公司章程，不得滥用权利。若造成公司损失，需承担赔偿责任，甚至面临刑事责任。不及时处理可能导致公司资产流失，严重影响公司运营。
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股东抵押公司房屋贷款，应这样处理：1. 立即与股东沟通，明确其行为是否经公司授权，要求立即停止并纠正。2. 若沟通无果，收集相关证据，如贷款合同、房屋产权证明等，准备法律诉讼。3. 咨询专业律师，了解诉讼流程及可能结果，同时考虑公司内部治理结构的调整，防止类似事件再次发生。4. 若发现涉及刑事犯罪，如诈骗，立即向公安机关报案。
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处理此问题常见方式为协商、诉讼或报警。应先尝试与股东协商解决；协商无果时，可依据《公司法》提起诉讼；若涉及诈骗，应立即报警处理。选择方式需根据具体情况及证据充分性决定。