车牌被恶意遮挡且未被发现，一般不会直接扣分。分析说明：根据交通法规，故意遮挡车牌属于违法行为，会受到相应的处罚，包括扣分和罚款。然而，如果遮挡行为是他人恶意所为，且车主在行驶过程中并未察觉，那么在未被交警当场查获的情况下，通常不会直接对车主进行扣分。但需要注意的是，如果因此导致交通事故或其他违法行为，车主仍可能需承担相应的法律责任。提醒：若发现车牌被遮挡或污损，应立即清除并检查车辆，以免因不知情而触犯法规。若因此受到处罚或涉及事故，应及时咨询专业律师。
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不同情况下的具体处理方式：1.若在行驶过程中发现车牌被遮挡，应立即停车清除遮挡物，并检查车辆是否受损。同时，可通过行车记录仪等设备收集证据，以便后续报案。2.若遮挡行为已导致交通违法记录（如闯红灯、超速等），车主在收到处罚通知后，应及时向交警部门说明情况，并提供相关证据以证明遮挡行为非车主所为。3.若遮挡行为涉嫌故意破坏或恶意报复，车主可向公安机关报案，并提供线索和证据，请求警方介入调查。在报案过程中，车主应详细陈述事件经过，并配合警方调查。4.若因车牌被遮挡而引发交通事故，车主应积极配合交警部门的调查工作，并尽可能提供证据以证明自身无过错。同时，车主可考虑寻求法律专业人士的帮助，以维护自身合法权益。5.在整个处理过程中，车主应保持冷静和理性，避免与恶意遮挡者或其他相关人员发生冲突或纠纷。如有需要，可寻求法律援助或咨询专业律师。
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常见处理方式：从法律角度，面对车牌被恶意遮挡的情况，车主可以采取以下常见处理方式：一是立即清除遮挡物，确保车牌清晰可见；二是向当地交警部门报案，提供线索并请求调查；三是如有必要，可寻求法律途径维护自身权益，如起诉恶意遮挡者。选择建议：车主应根据具体情况选择处理方式。若遮挡行为轻微且未造成严重后果，可选择自行清除并报案；若遮挡行为严重或涉及其他违法行为，建议寻求法律专业人士的帮助，以维护自身合法权益。