水沟被占用可通过协商、政府调解或法院起诉处理。依据相关法律规定，当事人应首先尝试协商解决纠纷。《中华人民共和国土地管理法》等法律支持协商解决土地争议，若协商无果可寻求政府调解，仍无法解决则可提起法律诉讼，未及时处理可能导致权益受损。
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水沟被占用处理如下：1. 尝试与占用人友好协商，达成和解协议；2. 协商无果时，向当地政府申请介入调解，寻求官方解决方案；3. 若政府调解未能解决问题，则在法定期限内向法院提起诉讼，维护自身权益。
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水沟被占用的常见处理方式包括协商、申请政府调解和提起诉讼。首先尝试与占用人直接协商，协商不成则向当地政府申请调解，若调解无果则需在规定时间内向法院起诉，以确保问题得到合法解决。