不合法。公司第一个月扣两个月社保违反法律规定，依据《中华人民共和国社会保险法》等相关法律，只能扣除当月社保费用。公司第一个月扣除两个月社保费用不合法，根据《中华人民共和国社会保险法》等法律规定，用人单位应按月为劳动者缴纳社保，一次扣两个月费用不合理，可能损害劳动者权益。如公司坚持此操作，劳动者有权向劳动监察部门投诉，维护自身合法权益。不及时处理，可能导致劳动者经济负担加重，社保权益受损。
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公司扣两个月社保处理如下：1. 立即与公司沟通，明确表达社保扣费不合理，要求按法律规定扣除当月费用。2. 如公司不予理会，收集扣费证明、劳动合同等证据，向当地劳动监察部门投诉。3. 若劳动监察部门处理未果，或公司存在其他违法行为，可咨询律师，通过法律途径维权。
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常见处理方式为：与公司沟通、向劳动监察部门投诉、寻求法律援助。首先尝试与公司人力或财务部门沟通，了解扣费原因并要求更正；若沟通无果，可向当地劳动监察部门投诉；若问题仍未解决，可考虑寻求专业律师法律援助。