结婚证不会在三年内自动取消，需通过法定程序办理离婚。
分析：结婚证是婚姻关系的法律证明，不会自动失效或取消。要解除婚姻关系，必须按照《婚姻法》的规定，通过协议离婚或诉讼离婚等法定程序。
提醒：若双方长期分居、互不履行夫妻义务，可能表明婚姻关系已名存实亡，应及时咨询律师，通过法律途径解决。
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处理方式：
从法律角度，处理婚姻关系的结束主要有两种方式：一是协议离婚，二是诉讼离婚。
- 协议离婚：双方自愿协商，达成离婚协议后，到婚姻登记机关办理离婚手续。
- 诉讼离婚：一方提起诉讼，由法院审理后判决离婚。
选择方式：
双方能协商一致，且对财产分割、子女抚养等问题无争议时，可选择协议离婚；若存在争议，或一方不同意离婚，则需通过诉讼离婚解决。